Dadas las condiciones climáticas en la región, la vegetación dominante es el bosque templado lluvioso y la selva valdiviana. El bosque templado lluvioso se distribuye hacia la Cordillera de los Andes y cuenta con especies como roble, rauli, coigüe, ciprés, lenga y alerce, por nombrar algunas de las más importantes.
Comienza el dominio de las especies ombrófilas,donde conforman importantes asociaciones arbóreas.
Por su parte la selva valdiviana se caracteriza por ser una vegetación muy densa con especies como el alerce, canelo, olivillo, laurel, maiten, ulmo, avellano y arrayán, además de una vegetación arbustiva de Quilas y Helechos que la hacen prácticamente impenetrable.
Mas al sur destaca la espesa vegetación de la carretera austral que se impone en todo momento, presenta especies nativas como coigüe magallánico, bosques de alerce milenario (parque nacional Hornopirén en la comuna de Hualaihué, en caleta Gonzalo, camino a Chaitén) y bosque de Lenga en las inmediaciones del río Palena. En las áreas cordilleranas de esta región reina el coirón.
Al igual que en la Araucanía, la fisonomía de la región ha cambiado debido al uso agrícola y ganadero que ha primado en los últimos años. El espacio que hoy presenta ha sido conseguido a costa de la quema o roce de vegetación nativa, poniendo en peligro la flora y fauna de la región. En su reemplazo se han sembrado praderas aptas para ganado.
